Виборним органом ФПУ в період між засіданнями Ради є Президія, яка підзвітна і підконтрольна Раді.
Президія формується шляхом обрання (делегування) до її складу по одному представнику від кожної членської організації.
Порядок обрання (делегування) до складу Президії та порядок відкликання (заміни) її членів визначають членські організації.
Персональний склад Президії визначається членськими організаціями одночасно з обранням делегатів З’їзду.
До складу Президії за посадою входять Голова ФПУ та його заступники.
Президія набуває статутних повноважень після підтвердження Статутною комісією правомочності її членів і здійснює свої повноваження до обрання (делегування) нового складу Президії.
Членські організації мають право обирати (делегувати) свого постійного заступника члена Президії ФПУ, повноваження якого підтверджуються Статутною комісією.
Засідання Президії проводяться не рідше ніж один раз на квартал за рішенням Голови ФПУ або на вимогу не менш як однієї третини членів Президії.
Засідання вважається правомочним, якщо в ньому бере участь не менше двох третин членів Президії.
Рішення Президії приймається більшістю голосів присутніх на її засіданні членів, які мають право голосу, якщо інше не передбачено Статутом.