Об'єднання галузевих профспілок Криму вперше відбулося 30 жовтня 1948 року на міжспілковій конференції, яка заснувала Кримську обласну раду профспілок. До її складу ввійшли 29 галузевих профспілкових організацій, які мали обласні комітети профспілок.
Пройшовши у 1963 році поділ на промислову та сільську облпрофради. а потім знову об"єднавшись, Кримська обласна рада профспілок 1990 року на Другому розширеному пленумі була перетворена на Федерацію незалежних профспілок Криму (ФНПК), яка функціонує донині і є правонаступницею ради.
На цьому ж пленумі затверджено Положення про ФНПК, зміни та доповнення до якого вносили на подальших конференціях. Згідно з Законом "Про професійні спілки, їх права та гарантії діяльності" Положення зареєстровано в органах юстиції. У жовтні 2003 року замість Положення про ФНПК затверджено Устав Федерації незалежних профспілок Криму. Устав зареєстровано Головним управлінням юстиції Мінюсту України в Криму.
31 травня 2012 року на засіданні Ради Федерації незалежних профспілок Криму Головою ФНПК на другий термiн було обрано Надію Казьміну, внесенi доповнення до статуту ФНПК.
До складу ФНПК входять 21 республиканська галузево профспілкова організація і 21 первинна профспілкова організація, що виходять безпосередньо на 7 відповідних галузевих всеукраїнських профспілок. Нині ФНПК об"єднує 253797 тис. членів профспілок.
ФНПК є членською організацією ФПУ. До інших профспілкових об'єднань, у тому числі міжнародних, не входить. Водночас активно співпрацює з ЗКП, передусім, через Федерацію профспілок України.
На етапі становлення ринку система договірних відносин стала основою для захисту трудових прав найманих працівників. У цій роботі Федерація незалежних профспілок Криму має значний досвід.
Першим реальним кроком у цьому напрямі стала укладена у 1991 роцi угода між Кримським облвиконкомом і президією Ради Федерації незалежних профспілок Криму. Кожна регіональна угода, залежно від року її укладання, містить нові, притаманні та необхідні цьому періоду позиції.
ФНПК, її членськими організаціями за останні 5 років проведено перевірок дотримання законодавства про працю більш як на 4 тис. підприємств і організацій. У результаті захищено права майже 56 тис. робітників. Надано консультаційну допом г
